机械电子工程系（原机电一体化教学部），主要专业为机械电子工程技术专业，是开云官方端网站登录入口第一批高职本科专业，是国内一流品牌专业，为国家示范院校建设重点专业、全国职业院校装备制造类示范专业、教育部首批现代学徒制试点专业，江苏省品牌专业A类专业、省骨干专业、省重点专业群核心专业，并拥有国家职业教育资源库、全国黄大年式教学团队、省优秀科技创新团队、全国工业机器人开放实训基地、江苏现代机电技术公共实训基地等。机械电子工程技术专业秉承“五有三性”的培养理念，立足江苏，聚焦智能制造系统技术领域，瞄准制造业高端岗位，与西门子、ABB、博世、现代重工等世界500强企业深度合作，建立“技术联盟式”人才培养体系并以现代学徒制模式共同培养工匠型技术技能人才。
当前，机械电子工程技术专业基于本科职业教育试点重点项目“专业特区”，建立卓越现场工程师班并配备优质教育资源，引企入校共建产业学院、工学交替实施学徒培养、开展项目化课程教学，人才培养质量稳步提升，学生在国家技能大赛、国家互联网+大赛多次获得一等奖和金奖。本专业毕业生就业领域宽广，能够满足机械设计与制造类企业、电子与电气类企业及其它企事业单位从事设计制造、应用研究、调试维修、技术研发、技术服务与管理等企业工作需求。就业统计发现，近五年超过半数学生能够就业于世界500强或行业领军企业，且毕业三年职位晋升率超过80%。